Protenix开源项目安装与配置指南

1. 项目基础介绍

Protenix是一个开源项目，旨在通过训练AlphaFold 3模型来预测蛋白质结构。该项目是AlphaFold 3的一个PyTorch版本的再现，可以帮助研究人员和开发者更好地理解和预测蛋白质的三维结构。主要编程语言为Python。

2. 项目使用的关键技术和框架

• PyTorch：一个开源的机器学习库，用于应用程序如计算机视觉和自然语言处理，这里用于构建和训练神经网络模型。
• AlphaFold 3：由DeepMind开发的蛋白质结构预测算法，Protenix是对其的一个再现。
• Empirical Scoring Functions：用于Protenix-Dock模块，这是一种传统的蛋白质-配体对接框架。

3. 项目安装和配置的准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统中已经安装了以下依赖项：

• Python 3.x
• pip（Python的包管理工具）
• Docker（如果需要使用Docker安装）

详细安装步骤

通过PyPI安装

1. 打开命令行工具（如Terminal或Command Prompt）。

2. 输入以下命令安装Protenix：

   pip3 install protenix
   

使用Docker安装

1. 确保Docker已安装在您的系统上。

2. 克隆项目仓库到本地：

   git clone https://github.com/bytedance/Protenix.git
   

3. 进入项目目录，并构建Docker镜像：

   cd Protenix
   docker build -t protenix .
   

4. 运行Docker容器：

   docker run -it --rm -v $(pwd):/app protenix bash
   

本地安装（仅CPU）

如果您的开发机器只有CPU，没有GPU，可以使用以下命令进行安装：

1. 打开命令行工具。

2. 进入项目目录。

3. 输入以下命令以editable模式安装Protenix：

   python3 setup.py develop --cpu
   

以上步骤完成后，您应该已经成功安装了Protenix项目，并可以开始使用它进行蛋白质结构预测了。