R 语言 是数据分析和可视化的强大工具,尤其在科研领域,R 的绘图功能被广泛使用。R 提供了多种绘图包,能够生成高质量的统计图形。

在 R 语言中,有多种绘图方式,下面为你详细介绍基础绘图函数和ggplot2包绘图的常见用法及示例。

基础绘图函数

R 语言自带了许多基础绘图函数,如plot()hist()boxplot()等,以下是几种常见图形的绘制示例。

1. 散点图

散点图用于展示两个变量之间的关系。

R

# 生成随机数据
x <- rnorm(50)
y <- rnorm(50)

# 绘制散点图
plot(x, y, main = "散点图", xlab = "X轴", ylab = "Y轴", col = "blue", pch = 16)

  • main:设置图形的标题。
  • xlab 和 ylab:分别设置 X 轴和 Y 轴的标签。
  • col:设置点的颜色。
  • pch:设置点的形状。
2. 折线图

折线图常用于展示数据随时间或其他连续变量的变化趋势。

R

# 生成随机数据
x <- 1:10
y <- rnorm(10)

# 绘制折线图
plot(x, y, type = "l", main = "折线图", xlab = "X轴", ylab = "Y轴", col = "red")

  • type = "l":指定绘制折线图,l 表示线条。
3. 直方图

直方图用于展示数据的分布情况。

R

# 生成随机数据
data <- rnorm(100)

# 绘制直方图
hist(data, main = "直方图", xlab = "数据值", ylab = "频数", col = "green")
4. 箱线图

箱线图可以展示数据的中位数、四分位数、异常值等信息。

R

# 生成随机数据
group1 <- rnorm(50)
group2 <- rnorm(50, mean = 2)

# 绘制箱线图
boxplot(group1, group2, names = c("组1", "组2"), main = "箱线图", ylab = "数值")

  • names:设置每个箱体的名称。

使用ggplot2包绘图

ggplot2是一个强大的绘图包,它基于图形语法,提供了更加灵活和美观的绘图方式。

1. 安装和加载ggplot2

R

# 安装包
install.packages("ggplot2")

# 加载包
library(ggplot2)
2. 散点图

R

# 创建数据框
df <- data.frame(x = rnorm(50), y = rnorm(50))

# 绘制散点图
ggplot(df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_point(colour = "blue", size = 2) +
  labs(title = "ggplot2散点图", x = "X轴", y = "Y轴")

  • ggplot():初始化一个绘图对象。
  • aes():设置图形的美学映射,如xy变量。
  • geom_point():添加散点图层。
  • labs():设置图形的标题、X 轴和 Y 轴标签。
3. 折线图

R

# 创建数据框
df <- data.frame(x = 1:10, y = rnorm(10))

# 绘制折线图
ggplot(df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_line(colour = "red", size = 1) +
  labs(title = "ggplot2折线图", x = "X轴", y = "Y轴")

  • geom_line():添加折线图层。
4. 直方图

R

# 创建数据框
df <- data.frame(value = rnorm(100))

# 绘制直方图
ggplot(df, aes(x = value)) +
  geom_histogram(bins = 10, fill = "green", colour = "black") +
  labs(title = "ggplot2直方图", x = "数据值", y = "频数")

  • geom_histogram():添加直方图图层。
  • bins:设置直方图的组数。
5. 箱线图

R

# 创建数据框
df <- data.frame(group = factor(rep(c("组1", "组2"), each = 50)),
                 value = c(rnorm(50), rnorm(50, mean = 2)))

# 绘制箱线图
ggplot(df, aes(x = group, y = value)) +
  geom_boxplot() +
  labs(title = "ggplot2箱线图", x = "组", y = "数值")

  • geom_boxplot():添加箱线图图层。

R 语言的绘图功能强大且灵活,能够满足科研中的各种可视化需求。

在科研成果竞争日益激烈的当下,「一图胜千言」已成为高水平SCI期刊的硬性门槛——数据显示很多情况的拒稿与图表质量直接相关。科研人员普遍面临的工具效率低、设计规范缺失、多维数据呈现难等痛点,因此科研绘图已成为成果撰写中的至关重要的一个环节,它不仅帮助研究者更直观地展示实验数据,还能有效传递研究成果的深刻含义,也是高水平SCI论文的数据可视化的重要形式。

第一章、绘图原则与概念:规范清晰简洁自明

1、科研绘图的基本原则与概念

2、绘图的简洁性、一致性、准确性、自明性

3、图形的基本元素(尺寸、格式、分辨率、字体、配色、高分论文案例)

第二章、R绘图系统:八仙过海各显神通

1、R语言的基本用法和数据处理

2、R语言的做图系统

(1)Rbase基础绘图系统:基础图形函数(plot、lines、points等)

(2)ggplot2系统:层次化绘图理念,主题设计与自定义

(3)lattice系统:多面板图形与条件绘图

(4)plotly系统:交互式图表绘制与3D图形应用

3. DeepSeek和chatGPT支持下的科研绘图

第三章、美学设计与细节:完美图表华丽呈现

3. 图表的美学与设计

1. 配色方案

2. 标题

3. 坐标轴设计

4. 图例:清晰标注图例位置与内容

5. 字体:字体大小、类型与间距的选择

6. 线条:线条的粗细、样式选择及其与背景的对比

7. 背景:透明或简洁背景设计,提高视觉清晰度

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第四章、数据类型与图表:宝典在手各个击破

1. 常见数据格式:如何识别数据类型,选择适当图表

2. 科研绘图全类型绘制

2)散点图、气泡图:适合显示两组数据关系

3)折线图、柱状图:趋势分析与比较

4)箱线图、小提琴图:数据分布分析

5)云雨图、直方图、密度图:数据分布的不同展示方法

6)饼图、雷达图、玫瑰图:比例关系与环形展示

7)热力图、聚类热图、相关矩阵图:数据相似性展示

8)瀑布图、条形图、面积图:时间序列或分布展示

9)堆积图、桑基图:展示流动与比例

10)词云图、关联图:文本数据与关系网络

11)环形图、和弦图:比例与结构关系

12)生存曲线图、漏斗图:生物医学与临床数据分析

13)森林图、韦恩图、upset图:元分析与交集分析

14)UMAP图、函数曲线图:降维与函数关系展示

15)箱线密度图、神经网络图:机器学习与深度学习数据展示

16)ROC图、火山图:分类模型与生物学数据可视化

17)环形热图、公式图:其他特殊类型的应用

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第五章、统计分析与可视化:精确数据尽在图中

1. 图表中的统计与分析

1)基本统计:均值、标准差、置信区间、t检验、方差分析

2)回归分析与主成分分析:如何展示线性与非线性关系

3)p值与信号:如何标注统计显著性

4)RMSE与R²:图中显示回归模型评估指标RMSE、R2等

5)注释与细节:如何通过注释和细节增强图表的可解释性

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第六章、地理空间与GIS:地理数据鲜活地图

1. 地理信息系统(GIS)与地理空间分布绘图

1)GIS简介:地理空间数据与GIS工具的应用

2)空间分布图绘制:地图可视化,热力图与点图

3)地理数据处理与可视化:如何处理地理坐标与绘图

4)实践应用:地理数据的实际案例分析

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第七章、GIF制作与展示:图形动态活灵活现

1. GIF动图的绘制

2. 审稿意见的常见问题及处理

1)动图制作原理:如何通过GIF展示数据变化

2)R与其他工具的动图生成:gganimate、plotly等

3)动图的应用场景与注意事项

第八章、多图合成与排版:高效布局子刊密码

1. 多图合成与高级排版

1)组图系统:如何在一张页面中合理组合多个图表

2)高级排版技巧:排版美学与信息传达的平衡

3)制作长文图表:如何制作长条形图、时间轴等特殊排版

4)实践应用:结合案例进行多图合成与排版练习

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第九章、技术路线与流程:概念生动逻辑清晰

1. 技术路线图绘制

1)技术路线图的概念与应用:科研工作流程与技术路线

2)图表设计原则:如何通过图表表达技术流程与进展

3)实践应用:技术路线图绘制的具体案例

2. 概念图绘制

1)AI绘图:如何使用AI绘制概念图

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2)神经网络概念图:如何使用AI辅助绘图,制作神经网络与机器学习流程图

3)图形摘要的绘制:如何通过简洁明了的图形总结研究核心

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原文 

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